重症でなければ、ほとんど無症状です。元気なのに徐々に体重が減っていく場合もあります。胃の不快感のために歯ぎしりをしたり、手で口を引っかくなどの行動を示す場合もありますが、病気がかなり進行するまで、無症状でいることが少なくありません。

病気が進行すると、便の異常が現れます。粘液便、緑色便、タール便（チョコレートが溶けたような便）や小鳥の餌状のつぶつぶ便などいろいろです。便の異常は慢性的に経過するのが一般的ですが、中には、突然下痢を起こして衰弱するケースもあります。

さらに病気が進行すると、著しい体重減少と吸収不良が起こります。慢性的な炎症は、胃腸にとどまらず、肝臓や食道にまで広がります。また慢性的な消化管の炎症はリンパ腫の原因となります。肝炎を併発することもあります。