犬のしつけについて様々な方法を試していますが、問題ないか心配です。トイレや分離不安についてなど、どのようにしつけるのが正しいのでしょうか？

●トイレのしつけについて
6割成功、4割失敗と言ったところで、覚えられないようです。うんちはほとんどトレーにするのですが、おしっこは寝床だったり、マットだったり様々なところにします。（粗相した後はクエン酸や消臭スプレー等で消臭してるつもりなのですが）しつけはちゃんとトレーでしてる最中にクリッカーを鳴らし、シーシーと声をかけて、終わったらおやつをあげています。この方法は正しくないのでしょうか。

●分離不安について
知人から聞いた話によると、前の飼い主さんはケージから一切出さず、トイレの世話もほとんどしなかったようです。（譲渡された日は体毛がおしっこの匂いがすごい状態でした）その環境に慣れてたからか、ほとんど鳴かず、吠えず、静かにしていたと聞いたのですが、飼い始めると要求鳴きがすごいです。大丈夫な時もありますが、トイレに行っただけでもキュンキュン鳴き、少し長めの留守番の後は、サークルの中がめちゃくちゃの状態です。
家を出る時は少し前から構わない、帰ってきた時も落ち着くまで構わない、泣いても吠えても無視するを徹底し、遊ぶ時もメリハリをつけていたと思っていたのですが、分離不安のような症状が見られており、病院に相談に行ったほうがいいのか悩んでいます。上記の方法で問題はありそうでしょうか。

●環境について
サークルの中にケージを置いていますが、興奮すると、ケージの中に入ったり出たりでめちゃくちゃにして、寝床に粗相することもあり、寝床が広すぎるのか、明るすぎるのか少し考えています。クレートも持っているため、ケージをクレートに変えたほうがいいのか、サークル内のレイアウトを変えたほうがいいのか悩んでいます。また、脱走したことが何度かあったので、現在はワイヤーネットをサークル結束バンドで取り付けて対策をしたのですが、どうやって出たのか、今日も脱走していました。脱走しないようにしつけることは出来ますか？

●しつけについて
譲渡された時点では何もしつけがされていない状態でした。いいこと、悪いことの区別がつかない、お手なども一切できない。このような状態だったので、一から教えていて、お手、おかわり、まて、ふせは意外にすぐに覚えてくれました。（ハウスは練習中です）ですが、コマンド以外のしつけ方法について、アマガミだったり、吠えた時だったり、イタズラした時など、低い声でダメ！と言っているのですが、叱られたことをわかっていないようなのです。ダメと教えるにはどうすればよいでしょうか。